食品の微生物汚染の程度を示す最も代表的な指標です。食品の安全性や衛生的取り扱いの良否等の総合的な評価判断に用いられます。

ヒトや動物の糞便だけでなく、自然界にも広く分布しています。より安全性の高い良質な食品を生産し確保するのに必要な尺度となり、環境衛生管理に有用な衛生指標菌です。加熱済の食品からの検出は不適当な加熱処理や加熱後の2次汚染などが疑われます。

ヒトや動物の糞便に存在し、自然界で死滅しやすいため、糞便汚染を示すものとされています。大腸菌が検出された食品では大腸菌群の場合よりも一層不潔な取り扱いを受けたことが推測されます。

産生する毒素（エンテロトキシン）により食中毒を発生し、この毒素は加熱しても死滅しません。ヒトや動物の皮膚や粘膜等に常住し、手指等の化膿巣および化膿性疾患の原因菌です。

各種の家畜、家禽、ペット類および爬虫類等の腸管内に保菌されて、下水、河川水等の環境に広く分布しています。食肉類や鶏卵が汚染されていることが多く、汚染された食材から他の食品、器具に汚染を広げてしまう2次汚染にも注意が必要です。

平成8年に発生した堺市の小学校の食中毒事件をはじめとして、全国で猛威をふるった、腸管出血性大腸菌O157は、ベロ毒素を産生することから、ベロ毒素産生大腸菌とも呼ばれ、下痢や腎・脳障害を引き起こす病原菌です。家畜（特にウシ）から高頻度に検出され、さらに畜肉製品や家畜および食肉から2次汚染した各種食品が感染源となります。